Verifique se peso e medidas estão corretos no cadastro do produto, pode ser que esta informação está errada ou se estiver ausente o Melhor envio usa um valor padrão para todos os pacotes (que pode ser alterado), aqui tudo funciona normalmente exceto cálculo de embalagem que a LI não possui, deve ser feito manual ou via ERP depois de fechar o pedido.
Verifique este post também Calculo de produtos por embalagem? - #13 por Annyluh_Store