Nós sempre sugerimos que configure as dimensões do produto como ele vai embalado, porque o calculo do frete é feito por meio desses dados. Se você coloca apenas o tamanho do produto, quando ele for embalado ficará maior e por isso o valor do frete será diferente.
Sobre despachar o pedido nos correios. Então, você retira a etiqueta com as informações do cliente e efetua o pagamento do frete. O pagamento do frete é feito pelo cliente no ato da compra. Esse pagamento irá para a sua conta no meio de pagamento que você instalar em sua loja. Você irá efetuar o saque e irá até os correios para despachar o produto.