Frete diferente do melhor envio

Estou com problema no frete desde que abri minha loja, toda vez que um cliente compra na loja o frete sai totalmente diferente do calculado do melhor envio.
As vezes sai muito mais caro, e as vezes sai o valor muito abaixo e acabo ficando no prejuízo.
Coloquei todas as medidas certas e peso dos produtos, ja contatei o melhor envio e a loja integrada e ninguém nunca resolve este problema!
Alguém sabe como arrumar este erro?