Como faço só para atualizar meu estoque por causa da loja fisica ?
E tenho duvidas se pode ocorrer duplicação dos produtos no site
Oiee @Lojas_Frank tudo bem com você? 
Espero que sim. 
Caso você tenha uma loja física e virtual você pode usar o mesmo estoque para ambas. É necessário apenas que tenha atenção quanto à gestão dos dois estoques para que não falte produtos e você acabe realizando vendas com estoque desfalcado.
Para isso, recomendamos que você utilize uma ferramenta de ERP, como o Bling! ou TinyERP, onde será possível realizar a integração do seu estoque de loja física com a virtual, fazendo com que sejam vendas baixadas de ambos os estoques e mantendo suas informações sempre que atualizadas.
Caso interesse tenha, basta conferir os tutoriais da nossa central de ajuda:
Feito isso, não haverá necessidade de utilizar estoques diferentes para um mesmo negócio.
Qualquer dúvida fico à disposição. 
Consigo fazer o faturamento da nota manualmente ?
Emissão de nota fiscal é por conta do lojista.
A Loja Integrada não possui um sistema emissor de nota fiscal nativo.
Esta tarefa deve ser realizada diretamente no site do órgão responsável, ou para os lojistas do plano PRO, podem integrar sua loja com ERPs como Bling e Tiny para a emissão das notas fiscais.