Olá Andrea, como vai?
Acrescentar taxa ao frete é caso você queria cobrar um valor a mais para o seu cliente, além do que já é cobrado no frete.
Por exemplo, alguns lojistas acrescentam o valor da embalagem nessa taxa.
Sobre a melhor opção de desconto, não há a melhor opção, você deve avaliar de acordo com o seu objetivo. O desconto por porcentagem muda o valor de acordo com o valor da compra do seu cliente.