Boa tarde Clara. Logo após o envio da pergunta consegui descobrir onde estavam as variações de valores e conseguimos padronizar próximo a simulação do site do Correios.
Estávamos com os serviços adicionais selecionados, a diferença de preço estava nessas opções e em relação aos dias, creio que está contando o prazo de retirada pelo cliente + 6 dias do prazo do Correio.
Obrigado pela atenção.