Olá @mborges , tudo bem?
1. É possível aumentar esse limite?
Não, isso seria uma solicitação de melhoria.
2. Existe algum limite de quantidade de linhas para importação de regras de transportadoras?
Linhas não, apenas tamanho do arquivo.
3. Caso eu trabalhe com múltiplas transportadoras em minha planilha, como identifico no pedido?
Não consegue, o sistema entende a planilha como da “transportadora”, como se fosse única. Sempre vai constar no pedido que é envio por “transportadora”.