Estou efetuando o cadastro dos produtos selecionando a grade duas cores. Seleciono as duas corretamente. Ao verificar o produto no site ele so aparece a opção de uma dor conforme as imagens abaixo.
Faz o seguinte teste, por favor: desinstala o tema que você utiliza e verifica se as suas cores do produto aparecem. Me envia o print no produto sem o tema.
Pelo que pude verificar está tudo ok!
A variação de duas cores na mesma peça que você configurou está aparecendo sem o tema. Então, isso é um erro do tema. Sugiro que você entre em contato com o desenvolvedor do tema para que ele possa verificar e corrigir esse errinho no código.