Quero desenvolver meu próprio tema e subir para loja integrada, porém não sei se é possível apenas incluindo código html já que a estrutura do tema anterior não é alterada, e o código fica no final da página.
Tem como desenvolver um layout e subir alterando o tema padrão da loja integrada ?
Olá !
Você irá precisar entrar em contato com a loja integrada para conseguir subir seus temas, essa comunidade é mais voltado para lojistas.
Experimente navegar no site da loja integrada que você irá ver topicos relacionados a suas dúvidas.
Boa tarde @Diego_Japa tudo bem com você? 
Espero que sim.
Para editar o layout da loja você precisa ter conhecimento em HTML e CSS.
Veja como personalizar a sua loja inserindo códigos: Como inserir um código CSS na minha loja? | Ajuda Loja Integrada
Já para subir um tema na Loja Integrada, somente os parceiros certificados podem realizar essa ação.
Saiba mais como funciona o Programa de Parcerias: Programa de Parcerias | Ajuda Loja Integrada