Olá Mayara.
Sim. Em um carrinho com vários produtos os pesos e as dimensões irão se somar, e realmente vai dar uma diferença grande no frete.
Eu também passei por esse problema, pois a maioria dos pedidos da minha loja são com vários itens no carrinho.
Para solucionar, coloquei todas as dimensões dos produtos igual a 1, e coloquei somente o peso deles.
Ainda não resolveu completamente, mas o valor do frete fica bem aproximado.
Além disso, coloquei frete grátis para compras acima de um determinado valor (R$150), pois assim não tem tanta discrepância no frete. A discrepância fica em torno de R$1,00 a R$5,00 a mais para o cliente.
Esse é um tipo de problema que acontece não só com a loja integrada, mas com varias outras, o jeito que apresentei é apenas um quebra galho.
Teste na sua loja e veja se funciona.
Danilo Moreira - (www.eisexy.com.br)