Oi Avner, como vai?
Ao ativar a forma de pagamento do Mercado Pago, a opção de cartão de crédito não é possível desabilitar.
No Checkout PRO, o seu cliente é direcionado para o painel do Mercado Pago para finalizar a compra, dessa maneira será apresentado todas as formas disponíveis pelo MP, não há como selecionar quais formas irão aparecer.