Sim, com essa configuração vc vai perder diversos acesso.
Precisa voltar a configuração que estava na entrada A marcada (marcada)
e fazer um redirect para quando a pessoa tentar acessar http://militar1000.com.br para https://www.militar1000.com.br
Assim seu acesso ao webmail e o mx vai voltar a funcionar https://webmail.militar1000.com.br
para redirecionar