Desenvolvimento em Código Aberto

Exite alguma forma de se trabalhar em código aberto, como por exemplo trocar algum elemento de lugar, não sei, nem que seja necessário uma parceria com a agência ou algo do tipo. Apenas algo que dê mais liberdade pro programador. Hoje eu uso o sistema da Tray, mas é péssimo. Porém me da essa liberdade de personalizar o layout do meu jeito.

Sim. O layout da loja integrada é totalmente flexível.

Legal, mas onde eu posso alterar?

Há diversas agências que trabalham com a Loja Integrada. Eles tem acesso ao código fonte de alguma forma (deve estar disponível no site da Loja Integrada ).
Alterações também podem ser feitas pelo próprio usuário por meio do seu painel de controle em “Editat CSS ou Incluir HTML”.

É exatamente isso que eu queria, esse mesmo acesso da agência, porque eu sou uma agência, então queria saber uma parceria ou algo do tipo, você não sabe nenhum link, telefone que eu possa entrar em contato diretamente com alguém de lá?

Cara, se você que é uma agência não sabe, imagina eu!
Mas, veja se é isso aqui: http://docs.lojaintegrada.apiary.io/#