Você pode continuar a usar os 2. Ter chat na loja é fundamental, assim como o WhatsApp também é uma ferramente muito importante para quem tem e-commerce, tanto para atendimento quanto para venda.
Uso os 2 na minha loja.
Neste link abaixo ensino a como colocar uma central de chat, unificando o WhatsApp, E-mail e chat do Facebook no mesmo pop-up. Se te interessar é só clicar:
Existe algum chat Whatsapp para loja integrada?